Kitematic でこのチェックボックス

をうっかりonにしてしまって煮詰まったときは、おもむろに

del “%homepath%\appdata\roaming\kitematic\local storage\*”

Kitematicって、chromium + javascript でできている模様で、設定は localStorage に書いている模様なので、中身は SQLite のよう。